故事发生在遥远的未来，魔法少女蛇崩乃音为了保护人类不受恶龙侵害，化身为高中生，参加了魔法学校的训练。在这个过程中，她与队友们一起面对各种挑战，通过团队协作和勇气，成功阻止了恶龙的入侵。然而，当她们即将离开学校时，得知一个更大的威胁正在逼近，是未知的强大敌人。为了保护世界和平，蛇崩乃音等人再次踏上了冒险之旅。